Obsah GC

Z Multimediaexpo.cz

Obsah GC či množství GC (z anglického GC-content) je podíl nukleových bází guaninu (G) a cytosinu (C) v rámci určité DNA nebo DNA. Zbylými bázemi jsou adenin (A) a thymin (T), jejichž zastoupení v daném genomu logicky činí zbytek do sta procent.^[1] Podíl GC vazeb však standardně bývá vyšší než podíl AT vazeb. Guanin se váže na cytosin, podobně jako adenin na thymin. Vazba mezi G a C má tři vodíkové vazby (na rozdíl od AT vazby, která má dvě), díky čemuž je GC vazba odolnější vůči vysoké teplotě.^[2] Dříve se kvůli tomu mělo za to, že vyšší obsah GC mají termofilní organismy, což bylo v nedávné době vyvráceno.^[3]

Obsah 1 Výpočet obsahu GC 2 Využití 3 Reference 4 Externí odkazy

Výpočet obsahu GC

Obsah GC se udává zejména v procentech, méně často jako poměr (tzv. G+C ratio). Výpočet obsahu GC se provádí pomocí vzorce:^[4]

<math>\cfrac{G+C}{A+T+G+C}\times\ 100</math>

G+C poměr spočítáme jako:^[5]

<math>\cfrac{A+T}{G+C}</math>

Využití

Obsah GC bází je velmi variabilní nejen na úrovni druhů, ale i v rámci jediného genomu. Některé oblasti mají vyšší obsah GC, některé nižší. Části s vyšším obsahem GC bází jsou místem, kde jsou velmi často lokalizovány geny.^[6] Na úrovni jednotlivých taxonomických skupin, jako jsou například kmeny bakterií, se využívá často obsahu GC pro definici jednotlivých skupin. V systematice bakterií například kmen Actinobacteria je charakterizován jako kmen bakterií s vysokým obsahem GC^[7]. Například bakterie Streptomyces coelicolor A3(2) má obsah GC 72%.^[8], kvasinka Saccharomyces cerevisiae 38%,^[9] a huseníček rolní (Arabidopsis thaliana) 36%.^[10] Hodnoty blížící se 00% a 100% jsou kvůli informační povaze jednotlivých bází nereálné. Velmi nízký obsah GC má například Plasmodium falciparum, a to asi 20%.^[11][12]

Reference

1. ↑ Definition of GC – content on CancerWeb of Newcastle University,UK
2. ↑ Freidfelder D. Microbial Genetics. [s.l.] : Jones and Barlett Publishers, 1990. (1st ed..)  
3. ↑ Hurst, LD. and Merchant, AR. High Guanine-Cytosine Content is Not an Adaptation to High Temperature: A Comparative Analysis amongst Prokaryotes Proceedings: Biological Sciences, 268(466) 493-497, 2001.
4. ↑ Madigan,MT. and Martinko JM.. Brock biology of microorganisms. [s.l.] : Pearson-Prentice Hall, 2003. (10th ed..) ISBN 84-205-3679-2.  
5. ↑ Definition of GC-ratio on Northwestern University, IL, USA
6. ↑ Bernardi, G., Isochores and the evolutionary genomics of vertebrates, Gene, 241:3-17, 2000.
7. ↑ Taxonomy browser on NCBI
8. ↑ Whole genome data of "Streptomyces coelicolor" A3(2) on NCBI
9. ↑ Whole genome data of Saccharomyces cerevisiae on NCBI
10. ↑ Whole genome data of Arabidopsis thaliana on NCBI
11. ↑ Whole genome data of Plasmodium falciparum on NCBI
12. ↑ Genome of Plasmodium falciparum. Mem Inst Oswaldo Cruz, 92(6): 835-841, 1997.>Full Article

Externí odkazy

• Tabulka GC obsahů všech sekvenovaných prokarxot
• Seznam bakterií i s jejich GC obsahy.

Náklady na energie a provoz naší encyklopedie prudce vzrostly. Potřebujeme vaši podporu... Kolik ?? To je na Vás. Náš FIO účet — 2500575897 / 2010
Informace o článku. Článek je převzat z Wikipedie, otevřené encyklopedie, do které přispívají dobrovolníci z celého světa. Tento text je dostupný za podmínek Creative Commons 3.0 Unported – creativecommons.org. Originální článek na české Wikipedii